装着狄奥的转变舱内芯继续穿梭在源始能通道中，向着天外飞去。
狄奥变得越来越急躁，他一边加速一边让宇宙中的星体变换位置，使宇宙的能量更加混乱，以便在源始能通道中设置陷阱，等超能生命飞近时对他突然袭击。
吸附在转变舱内芯表面的梦行人芷熙终于无力再利用梦空间向内芯传导指令，因为梦行人芷熙与她真身相隔的距离已经超出了极限，导致她的真身向她的梦行人输送的能量越来越微弱。很快，梦行人芷熙连吸附内芯表面的能量都快耗竭了。到那时，她不得不脱离内芯表面，然后会遭到源始能通道的排斥，飘落在寂寥苍穹，宇宙中的气体或尘埃都会在顷刻之间使她湮灭。
梦行人芷熙终于消耗掉了最后一丝能量，她只得绝望地放弃了。就在这时，她突然感到肩头有轻微的触碰。随即，巨大的能量瞬间涌遍她的梦行之身！
梦行人芷熙转头看去，只见身旁是一个年轻男子，浑身透着一种让人无法摆脱的磁场，密封着少女心魄的那层薄蜡一下子就被融化了。
两人眼神交汇，传递出心灵深处的共鸣，更是感到无比的安心和愉悦。
芷熙的脑中突然闪现出一个信息——库矩星大宗主！
就是他，跟自己的源始能连接密码完全吻合！但是，还没能等到密码对接的天然时刻降临，两人还未擦出爱欲的火花，美好未来就因宇宙毁灭而终止。
为了应对旧宇宙的消亡，大宗主制定了库矩星基因大转移计划：库矩星灭亡的最后时刻，大宗主携带储存库矩星球全体生命信息的源体接片，先让自己的原身毁灭，穿越大爆炸去往新宇宙，大宗主与芷熙将在新宇宙完成密码对接，复制生命之源，使全体库矩基因再次苏醒，恢复原身，重建新世界！
他俩哪能料到，在库矩星球灭亡的前夜，二宗主与掌管库矩基因库的科研人员林霍恩联手，偷偷地在源体接片上输入了阻止大宗主还原超能力、恢复原身的指令。为了预防芷熙排除障碍跟大宗主完成生命密码对接，二宗主还封禁了源体接片内芷熙的密码。
貌似二宗主和林霍恩如愿以偿了，在新宇宙，大宗主确实消失了，而二宗主和林霍恩真的率先在新宇宙苏醒。
二宗主一苏醒，就迫不及待地打开源体接片寻找芷熙的生命密码。因为芷熙的生命密码与大宗主完全一致，他想在自己身上复制大宗主的基因蓝图。可是，源体接片内根本没有芷熙的生命密码。
二宗主无法复制大宗主的基因蓝图，他想在新宇宙替代大宗主成为新库矩星球之主的计划落空！
二宗主只能草草收场，他寻找到一个星球，然后在自己的能力范围内解密出源体接片内的部分库矩基因，将他们带往那个星球，让他们苏醒并找到载体。源体接片内他无法解密的基因，全部被他封禁在宇宙的重叠时空。
二宗主不敢在那个星球公开称神，他让利令智昏的林霍恩成为挡箭牌。万一哪天大宗主突然出现在这个宇宙，就由林霍恩先为他抵挡危险。
林霍恩中了圈套，等到他清醒过来，发现已经晚了。
谁也没有想到，在库矩星灭亡的前夜，芷熙的父亲，库矩星球修基会的长老白水钦，识破了二宗主的阴谋。可那时大宗主已经转变为看不见的生命能量体，粉碎二宗主的阴谋已经来不及了。
危急之时，白水钦复制了库矩星基因苏醒程序，偷偷地在源体接片中移出他妻子和女儿的生命密码，暗中设置另一条源始能通道，在实施库矩星基因大转移计划的同时，白水钦成功地穿越到新宇宙。
遗憾的是，二宗主指使林霍恩暗中输入的指令已经奏效，大宗主成为了新宇宙蓝图中看不见的生命能量体，而且他错过了生命密码对接的时间，除非宇宙中出现空白垠，否则没有哪种能量能唤醒他。
白水钦根据他和妻子的基因蓝图，复制出新的库矩基因生命之源。暗中制造二源基因分裂事件，神不知鬼不觉地在那个星球开创了三源人世界。
然而，由于他女儿在整个自然界除了消失的大宗主，无法找到跟她生命完全匹配的密码，宇宙中不存在属于他女儿生命的能量源。
白水钦开始了漫长的基因改造之路，在生命轮回中不停地为芷熙寻找可替代的能量源，但每次都只能短暂地延长芷熙的生命。
直至有一天，白水钦终于测算出，自新宇宙诞生以来首个吻合度高达百分之九十九的源始能连接密码即将出现，空白垠即将形成，这是激活大宗主生命密码的最佳时机！
但是，如何让它跟女儿的密码对接呢？
白水钦在茫茫人海中锁定谷曼和齐达，因为他俩具有全宇宙独一无二的两人意能可完全融合的异能。
可是难题又出来了，女儿的生命延续不到她和大宗主生命密码对接的那一刻！因此，白水钦又把目光瞄准了昂星人科技……
一切都按原计划展开，尽管半路杀出神原教和晶体人，还有黑色梦行人的干扰以及狄奥连接空白垠之后的失控行为。最终空白垠还是激活了黑暗天体中的生命密码，芷熙也排除万难与大宗主相遇了！
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